Despre organizare judecătorească modernă se poate vorbi, în Moldova, odată cu aplicarea Regulamentului Organic.
La Botoşani, primul tribunal "giudecatoresc", de ţinut, ca instanţă bazată pe principiul modern al despărţirii "puterilor cârmuitoare şi judecătorească", se înfiinţează la 1 ianuarie 1832, funcţionând în casele lui Neculai Damianovici, sub preşedinţia lui Alecu Ralet.
Dacă în materie civilă judecă definitiv cauze de o anumită valoare, în materie penală acest tribunal efectua doar cercetări care se deduceau judecăţii Tribunalului "Criminalicesc" de la Iaşi.
La 1859, anul Unirii Principatelor Române, precum şi în perioada 1864-1865, anii în care se adoptă şi se pun în aplicare, sub directa priveghere a domnitorului luminat Alexandru Ioan Cuza, legi fundamentale ale tânărului stat democratic, îl găsim la cârma tribunalului pe M. Vasilievici, cunoscut şi ca "Manolache a Popei", personaj despre care s-a vorbit mult în epocă. Lui, probabil, i se va fi adresat, la 4 octombrie 1864, tânărul Mihai Eminovici, marele poet de mai tarziu al românilor, când a cerut şi i s-a aprobat angajarea ca practicant la tribunal.
La 9 iulie 1865 vechiul tribunal ţinutal devine, în temeiul legii de organizare judecătorească din 4 iulie acelaşi an, tribunal judeţean, a cărui circumscripţie teritorială se confundă cu aceea a judeţului. Concomitent i se extind atribuţiile judecând şi in materie corecţională şi comercială.
Aceste competenţe le păstrează şi sub imperiul viitoarelor legi de organizare judecătorească din 1 septembrie 1890, 24 martie 1909, precum şi a legii Mârzescu din anii 1924-1925 când este arondat Curţii de Apel Iaşi.
Din anul 1914, timp de aproape un veac, Tribunalul Botoşani funcţionează în clădirea "Palatului de Justiţie", situată între casa Antipa (1900) şi casa Manole (1908-1909), opera a arhitectului Petru Antonescu. Clădirea face parte din rândul monumentelor de arhitectură ale Municipiului Botoşani.
După 1945, urmare a procesului de reorganizare administrativă, sub influenţa legislaţiei de tip sovietic, a funcţionat o perioadă ca tribunal "popular" raional până în anul 1968 când s-a revenit la vechea împărţire în judeţe a teritoriului naţional.
Reforma administrativă a adus schimbari şi în planul legislaţiei privind organizarea judecătorească. Tribunalul a dobândit, în acest context, noi competenţe ca instanţă de recurs.
După 1989, sub impulsul noilor realităţi, viaţa juridică a cunoscut o extindere fără precedent în cadrul societăţii româneşti. Prin noua lege de organizare judecătorească din anul 1992 s-au reînfiinţat curţile de apel şi un mare numar de judecătorii. Tribunalele şi-au păstrat vechile competenţe dar şi-au lărgit treptat atribuţiile ca instanţe de prim grad.
Tribunalul Botoşani a fost arondat, prin noua lege, Curţii de Apel Suceava. Şi-a extins continuu activitatea realizând specializarea magistraţilor pe materii. A fost înfiinţată la 15 aprilie 1994 secţia civilă iar la 1 octombrie 1997 şi-a început activitatea secţia comercială şi de contencios administrativ, astfel că în prezent tribunalul funcţionează cu 3 secţii specializate şi cu un numar de 21 de magistraţi.
La începutul anului 2002 a fost finalizată noua construcţie a tribunalului, pe un teren din vecinătatea vechii clădiri.
Fațada principală
Fațada laterală
Sala pașilor pierduți
Hol magistrați